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Cytoscape功能介紹
1、支持多種分析方式，可以選擇分析網(wǎng)絡(luò)。
2、Cytoscape軟件支持分析節(jié)點(diǎn)的子集、批次分析、加載網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計(jì)信息
3、繪制參數(shù)、從統(tǒng)計(jì)信息生成樣式
4、使用可擴(kuò)展對(duì)話框界面顯示網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計(jì)信息
5、在節(jié)點(diǎn)表中存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)參數(shù)、在邊緣表中存儲(chǔ)邊緣參數(shù)
6、明亮的顏色映射標(biāo)準(zhǔn) ameters、暗色映射標(biāo)準(zhǔn) ameters、中間顏色映射標(biāo)準(zhǔn) ameters
7、NetworkAnalyzer、Cytoscape 網(wǎng)絡(luò)瀏覽器
8、合并流程、作業(yè)狀態(tài)監(jiān)視器、命令行對(duì)話框、執(zhí)行命令文件
9、選定的節(jié)點(diǎn)、帶有選項(xiàng)的選定節(jié)點(diǎn)、命令行參數(shù)
10、Cytoscape 的快速游覽、創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)、嵌套網(wǎng)絡(luò)
11、支持的網(wǎng)絡(luò)文件格式、節(jié)點(diǎn)和邊列數(shù)據(jù)
12、風(fēng)格、應(yīng)用程序管理器、命令工具、渲染引擎、導(dǎo)出數(shù)據(jù)
13、Cytoscape 和 OpenCL、Cytoscape.js 和Cytoscape 自動(dòng)化
Cytoscape軟件特色
Cytoscape軟件使用可縮放的用戶界面來(lái)導(dǎo)航和查看網(wǎng)絡(luò)。ZUIs使用兩種導(dǎo)航機(jī)制:縮放和平移?？s放根據(jù)用戶想要看到的內(nèi)容的多少或多少來(lái)增加或減少視圖的放大
節(jié)點(diǎn)和邊緣列數(shù)據(jù)
交互網(wǎng)絡(luò)作為獨(dú)立的模型是有用的。然而，當(dāng)與其他信息結(jié)合在一起時(shí)，它們對(duì)于回答科學(xué)問(wèn)題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節(jié)點(diǎn)、邊緣和網(wǎng)絡(luò)信息作為節(jié)點(diǎn)/邊緣/網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)列添加到Cytoscape中
Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過(guò)應(yīng)用程序擴(kuò)展。它們可以以各種方式擴(kuò)展細(xì)Cytoscape。一個(gè)應(yīng)用程序可以從在線數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)入數(shù)據(jù)。另一個(gè)應(yīng)用程序可以提供一種分析網(wǎng)絡(luò)的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應(yīng)用程序。大多數(shù)應(yīng)用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開(kāi)發(fā)的。
如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細(xì)Cytoscape應(yīng)用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開(kāi)始，我們稱之為應(yīng)用。
Cytoscape使用說(shuō)明
一、輸入文件
支持多種輸入格式，可以保存工程文件，支持多種布局的方式，支持導(dǎo)出圖像，樣式可以做豐富的調(diào)整，智能的選擇過(guò)濾。
1、 edge文件格式：
tsv(制表符分隔的txt是一樣的)，csv(逗號(hào)分隔的)，xls，xlsx文件等,一般兩種tsv文件就足夠我們使用了。下面就是一個(gè)典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原節(jié)點(diǎn)，第三列是目標(biāo)節(jié)點(diǎn)，第二列是兩者的相互作用關(guān)系，這里的作用關(guān)系標(biāo)示了不同類型，在后面的網(wǎng)絡(luò)設(shè)置中大家可以看到它的妙處，而這里的source與target都是數(shù)字，怎樣轉(zhuǎn)換為我們想看到的基因名字呢，這里也是先留一個(gè)問(wèn)題，后面解釋。
2、 node屬性文件
可以導(dǎo)入，可以用來(lái)解決我們上面的問(wèn)題，將edge文件中的數(shù)字替換成可視化的簡(jiǎn)單的基因名字。
二、導(dǎo)入數(shù)據(jù)
可以點(diǎn)擊上面的物種名字選擇一個(gè)實(shí)例來(lái)學(xué)習(xí)，也可以直接選擇空的network用來(lái)導(dǎo)入數(shù)據(jù)，例如我選擇了Arabidopsis，就出現(xiàn)了如下的界面，圖示的是一個(gè)已經(jīng)做好的網(wǎng)絡(luò)的例子：
用戶界面
1、 導(dǎo)入數(shù)據(jù)
2、 導(dǎo)入屬性文件
3、 布局
三、高級(jí)功能
1、調(diào)整樣式
(1)基本樣式
(2)節(jié)點(diǎn)樣式
(3)邊樣式
2、改節(jié)點(diǎn)名稱
3、改邊的顏色
4、調(diào)控網(wǎng)絡(luò)各項(xiàng)指標(biāo)統(tǒng)計(jì)
得到的結(jié)果會(huì)出現(xiàn)在一個(gè)新的面板當(dāng)中：
5、改變節(jié)點(diǎn)大小
這里需要強(qiáng)調(diào)很重要的一點(diǎn)是，在對(duì)這里的改變節(jié)點(diǎn)大小進(jìn)行操作之前，如果是想通過(guò)節(jié)點(diǎn)連接的邊的數(shù)量進(jìn)行梯度設(shè)定的話，是必須要進(jìn)行上面第四步的統(tǒng)計(jì)分析的，否則沒(méi)有Degree選項(xiàng)出現(xiàn)：
雙擊上面梯度設(shè)置的區(qū)域可以出來(lái)控制面板進(jìn)行修改：
四、選擇過(guò)濾
1、節(jié)點(diǎn)的選擇
2、子網(wǎng)絡(luò)的選擇與分離
六、導(dǎo)出圖片
數(shù)據(jù)的導(dǎo)出可以是網(wǎng)絡(luò)文件，表格文件或者是圖片文件，圖片文件包括多種圖片格式以及pdf格式，對(duì)比圖標(biāo)的形態(tài)，下圖所示的左側(cè)兩個(gè)是快速導(dǎo)入文件的圖標(biāo)：
生物信息分析軟件(Cytoscape) 七、表達(dá)分析
Cytoscape還可以導(dǎo)入基因的表達(dá)值，將不同的表達(dá)值進(jìn)行顏色的梯度展示，由于我的分析沒(méi)有這部分?jǐn)?shù)據(jù)所以將網(wǎng)絡(luò)上學(xué)到的圖片做了幾個(gè)截圖：
八、其它
Cytoscape提供了很多外接的數(shù)據(jù)庫(kù)，右鍵點(diǎn)擊相應(yīng)節(jié)點(diǎn)，出現(xiàn)的選項(xiàng)里面選擇externallinks，里面有以下所示連接的數(shù)據(jù)庫(kù)：
此外，基于大量功能強(qiáng)大的插件的開(kāi)發(fā)，以下的功能也很全面：
GO分析：BiNGO
Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等
模塊與復(fù)合物分析：jActiveModules+BiNGO
Cytoscape更新日志
1.修正了其它bug;
2.優(yōu)化了軟件的兼容性。
華軍小編推薦：
Cytoscape與樂(lè)易集成吊頂設(shè)計(jì)軟件、原木材積計(jì)算器、廣東省企業(yè)所得稅申報(bào)系統(tǒng)、中國(guó)農(nóng)業(yè)銀行證書、太友CPK計(jì)算工具等都是非常不錯(cuò)的軟件，歡迎來(lái)我站下載體驗(yàn)！
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