Chromas軟件介紹
Chromas是一款專業(yè)好用的DNA測序分析軟件,使用這款軟件可以方便用戶對DNA的峰形圖進行查看和編輯操作,軟件支持ab1、scf以及ztr格式的圖譜文件,并支持自動刪除低質(zhì)量序列(當質(zhì)量數(shù)據(jù)可用時)或矢量序列,除此之外,軟件還可以按照FASTA,F(xiàn)ASTQ,EMBL,GenBank或GCG格式、文本格式來導出,有需要的用戶歡迎下載。
Chromas功能介紹
1、從Applied Biosystems DNA測序儀打開.ab1色譜圖文件。
2、打開由其他序列發(fā)生器創(chuàng)建或從數(shù)據(jù)庫檢索的SCF和ZTR格式色譜圖文件。
3、保存為.scf或Applied Biosystems .ab1格式。
4、打印色譜圖,其中包含縮放或適合一頁的選項。
5、自動刪除低質(zhì)量序列(當質(zhì)量數(shù)據(jù)可用時)或矢量序列。
6、以純文本,F(xiàn)ASTA,F(xiàn)ASTQ,EMBL,GenBank或??GCG格式導出序列,或使用基本編號格式化以進行演示。
7、將序列以純文本,F(xiàn)ASTA或FASTQ格式復制到剪貼板,以粘貼到其他應用程序中。
8、反轉(zhuǎn)和補充序列和色譜圖。
9、通過精確匹配或最佳對齊搜索子序列。
10、顯示3幀中的翻譯以及序列。
11、復制色譜圖部分的圖像以粘貼到文檔或演示文稿中。
12、批處理,包括格式轉(zhuǎn)換,帶矢量刪除的序列導出,批量打印和原始數(shù)據(jù)的批量導出。
13、使用Nucleics Pty Ltd的PeakTrace RP組件增強.ab1文件,以提高峰值可讀性并提取更多高質(zhì)量的基礎。
Chromas使用說明
1、選擇File菜單打開一個序列文件,或者直接通過Open打開。
2、一般測序中一個反應大概能測的長度為800左右,由于熒光染料的干擾和機器性能,測序結果在最開始和最后面的時候有幾十個堿基不準確,如下圖中紅框的部分。評判測序結果的時候可以忽略前50個和后50個堿基。
3、我們通過工具欄的縮放工具,可以放大或者縮小整個視圖:
通過上圖可以看出,不同堿基對應不同的顏色。
4、通過工具欄的“Find'工具,可以查找某個序列:
5、通過“File”菜單欄的Blast Search可以直接連接在線數(shù)據(jù)庫,將序列進行Blast,省去了我們打開NCBI等數(shù)據(jù)庫然后復制序列再比對的麻煩:
點擊OK之后出現(xiàn)如下界面,然后點擊“View report”即可。
6、Chromas還自帶序列翻譯蛋白質(zhì)功能,點擊“Options->Show Translations->All”顯示三條蛋白質(zhì)翻譯序列。這里之所以顯示三條,是因為Chromas不知道你的序列翻譯的起始位點,所以如果你的序列是cDNA序列,那么這三條蛋白質(zhì)序列中總有一條是你想要的,這在我們做蛋白質(zhì)點突變的時候非常有用。當然如果你的是啟動子等其他序列,這個功能是多余的。
7、我們可以將序列導出,并且可以設置導出的間隔、分行、以及是否顯示序號,下面的設置中代表每60個堿基一行。
8、當然可能會有同學想說,如果我想把測序峰圖放在文章中,我該怎么弄?Chromas沒有存儲為圖片的選項,這時可能有同學就想用截圖了,這里Chromas可以存儲為PDF格式,在“File”里面選擇Print 預覽,然后選擇PDF即可。
導出來之后就得到PDF格式的峰圖了,這是矢量圖,可以無限放大。然后通過Photoshop做出所需要的圖片。
Chromas更新日志
1. 優(yōu)化的腳步從未停止!
2. 更多小驚喜等你來發(fā)現(xiàn)~
華軍小編推薦:
Chromas作為一款應用廣泛,功能強大的免費健康醫(yī)藥,該最新版的功能得到眾多網(wǎng)友的一致好評,強烈推薦大家下載使用,另外還有醫(yī)師服務PC版、聰慧幼兒園營養(yǎng)分析軟件、千方百劑Ⅲ醫(yī)藥管理系統(tǒng)、臨床指南下載電腦版、診所管理系統(tǒng)推薦給大家下載使用。






























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